8 декабря 1992 года, на базе Ленинградского морского торгового порта было создано и зарегистрировано открытое акционерное общество «Морской порт Санкт-Петербург».
В результате приватизации существовавших портовых организаций из государственной собственности порт перешел в частную. Если раньше основные решения принимало государство, то теперь это право перешло к трудовому коллективу морского порта. Работники стали основными акционерами и практически получили право на управление созданным ОАО. Позже большинство акций было продано работниками частным инвесторам.
Администрация ОАО «Морской порт Санкт-Петербург» столкнулась со многими проблемами: с переходом к рыночным отношениям Министерство морского флота и правительство перестало уделять внимание вопросам технической оснащенности порта - предприятию пришлось самостоятельно обновлять оборудование и обеспечивать его высококлассной техникой. С отменой государственного планирования порт мог обрабатывать лишь те грузы, которые привлек сам, поэтому в порту Петербурга поменялась структура грузооборота, появились новые грузы, например, минеральные удобрения.
В 90-х годах обострилась конкурентная борьба за экспортно-импортные грузопотоки. Совершенствование технологических схем перевалки и пополнение парка перегрузочной техники стало первоочередным делом.
В феврале 2008 года акции ОАО «Морской порт Санкт-Петербург» и четырех стивидорных компаний группы были приобретены голландской компанией Universal Cargo Logistics Holding B.V. (UCL Holding) у ее прежних акционеров - Jysk Stalindustry ApS и Chupit Limited.

С 1 июля 2009г. полномочия единоличного исполнительного органа компаний группы «Морской порт Санкт-Петербург» переданы ООО «Управление транспортными активами» (T.A. Management) сроком на три года, с целью оптимизации схемы управления существенными транспортными, в том числе стивидорными, компаниями, входящими в группу UCL Holding.
Принадлежность «МПСПб» к транспортному холдингу UCL Holding обеспечила группе компаний возможность сохранения прежних темпов строительства новых терминальных комплексов.
Реализуемая сегодня программа развития портовой инфраструктуры группы компаний «Морской порт Санкт-Петербург» включает в себя строительство специализированных терминалов, реконструкцию существующих производственных объектов, а также развитие транспортной инфраструктуры порта и прилегающих к нему территорий.
Из года в год группа компаний «Морской порт Санкт-Петербург» сохраняет и укрепляет позиции надежной и стабильной компании. Своему процветанию компания обязана в первую очередь высокопрофессиональному коллективу. В своей работе «Морской порт Санкт-Петербург» руководствуется лучшими традициями ведения бизнеса, сложившимися за многолетнюю историю его существования.