8 декабря 1992 года на базе Ленинградского морского торгового порта было создано открытое акционерное общество «Морской порт Санкт-Петербург» (ОАО «МП СПб»).
В результате приватизации порт перешел из государственной собственности в частную: основными акционерами стали работники порта, которые сами принимали основные управленческие решения. Позже работники продали большинство своих акций частным инвесторам.
Администрация ОАО «Морской порт Санкт-Петербург» столкнулась со многими проблемами: с переходом к рыночным отношениям Министерство морского флота и правительство перестало уделять внимание вопросам технической оснащенности порта - предприятию пришлось самостоятельно обновлять оборудование и обеспечивать его высококлассной техникой. С отменой государственного планирования порт мог обрабатывать лишь те грузы, которые привлек сам, поэтому в порту Петербурга поменялась структура грузооборота, появились новые грузы, например, минеральные удобрения.
В 90-х годах обострилась конкурентная борьба за экспортно-импортные грузопотоки. Совершенствование технологических схем перевалки и пополнение парка перегрузочной техники стало первоочередным делом.
В феврале 2008 года акции ОАО «Морской порт Санкт-Петербург» и трех стивидорных компаний ЗАО «Первая стивидорная компания», ЗАО «Вторая стивидорная компания» и ЗАО «Третья стивидорная компания» были приобретены международной транспортной группой Universal Cargo Logistics Holding B.V. (UCL Holding) у ее прежних акционеров - Jysk Stalindustry ApS и Chupit Limited.
Принадлежность ОАО «Морской порт Санкт-Петербург» к транспортному холдингу UCL Holding обеспечила возможность сохранения прежних темпов строительства новых терминальных комплексов.
Реализуемая сегодня программа развития портовой инфраструктуры включает в себя строительство специализированных терминалов, реконструкцию существующих производственных объектов, а также развитие транспортной инфраструктуры порта и прилегающих к нему территорий.
Для оптимизации схемы управления компаниями, входящими в группу UCL Holding, 1 июля 2009 года полномочия единоличных исполнительных органов Обществ были переданы ООО «Управление транспортными активами» (T.A. Management) сроком на три года.
В 2010 году, для повышения эффективности использования производственных активов и усиления конкурентоспособности услуг по перевалке грузов в Большом порту Санкт-Петербурга, четыре акционерных общества объединили путем присоединения ЗАО «Первая стивидорная компания» (ЗАО «ПСК»), ЗАО «Вторая стивидорная компания» (ЗАО «ВСК») и ЗАО «Третья стивидорная компания» (ЗАО «ТСК») к ОАО «Морской порт Санкт-Петербург».
Третья и Вторая стивидорные компании прекратили свою деятельность, присоединившись к ОАО «Морской порт Санкт-Петербург» 24 марта и 12 мая 2011 года соответственно. С присоединением Первой стивидорной компании 23 августа 2011 года процесс реорганизации полностью завершен.
ОАО «Морской порт Санкт-Петербург» стал универсальным правопреемником в отношении всех прав и обязанностей ликвидированных компаний. Весь персонал на прежних условиях принят на работу в ОАО «МП СПб». Все обязательства по исполнению клиентских договоров ЗАО «ПСК», ЗАО «ВСК» и ЗАО «ТСК» также перешли к ОАО «МП СПб».
В октябре 2011 года пакет акций ОАО «Морской порт Санкт-Петербург был передан в дочернюю субхолдинговую компанию UCL Port B.V., консолидирующую стивидорные активы всей группы UCL Holding.
