История развития Петербургского порта неразрывно связана с историей города. В 1703 году по указу Петра I на Заячьем острове были возведены первые портовые сооружения. До 1733 года причалы возводились в центре города у Троицкой площади, затем – на стрелке Васильевского острова. В течение XVIII-XIX веков Невская гавань была центром деловой активности, здесь совершали сделки русские купцы и иностранцы, привозившие свои товары в Петербург.
Следующим поворотным событием в истории порта стало открытие в 1885 году Морского канала, что позволило порту принимать суда с большей осадкой. Открытие судоходства по каналу положило начало работе Петербургского Морского порта на Гутуевском острове.
Вместе с городом порт прошел и самое трудное испытание – Великую Отечественную войну. Находясь в 3-4 км от линии фронта, порт принимал грузы военного назначения и эвакуированных из Прибалтики людей. Из-за постоянных вражеских бомбежек более 70% портового хозяйства оказалось разрушенным.
После окончания войны, наряду с перегрузочной деятельностью, начались работы по реконструкции и модернизации портового хозяйства: строились новые причалы, создавались специализированные производственные комплексы, складские помещения, обновлялось оборудование, подводились железнодорожные пути и пр.
Порт не только постепенно восстанавливался, но и развивался. Так, за способность качественно обрабатывать широкую номенклатуру грузов с различными характеристиками грузовых мест порт получил звание универсального.
Образование АО «Морской порт Санкт-Петербург»
8 декабря 1992 года на базе Ленинградского морского торгового порта было создано открытое акционерное общество «Морской порт Санкт-Петербург» (МП СПб). В результате приватизации порт перешел в частную собственность.
Администрация МП СПб столкнулась со многими проблемами: с переходом к рыночным отношениям Министерство морского флота и правительство перестало уделять внимание вопросам технической оснащенности порта. Предприятию пришлось самостоятельно обновлять оборудование и обеспечивать его высококлассной техникой. С отменой государственного планирования порт мог обрабатывать лишь те грузы, которые привлек сам, поэтому в порту Петербурга поменялась структура грузооборота, появились новые грузы.
В 90-х годах обострилась конкурентная борьба за экспортно-импортные грузопотоки. Совершенствование технологических схем перевалки и пополнение парка перегрузочной техники стало первоочередным делом.
В августе 2016 года в целях приведения в соответствие с Федеральным законом № 99-ФЗ от 05.05.2014 «О внесении изменений в главу 4 части первой Гражданского кодекса Российской Федерации и о признании утратившими силу отдельных положений законодательных актов Российской Федерации» наименование компании было изменено на Акционерное общество «Морской порт Санкт-Петербург».
В 2019 году Морской порт Санкт-Петербург перешёл в Первую Портовую Компанию – группу, объединяющую ведущие предприятия стивидорного и логистического комплексов России.